Das 125cc-Rennen in Motegi war ein Rennen der Reifen. Es hieß Regenreifen gegen geschnittene Slicks gegen Slicks. Da die Strecke aufgrund der Regenfälle des Morgens beim Start nach wie vor nass war, ging es nur darum, die richtige Entscheidung zu treffen. Wie schnell würde es trocken werden? Wie lange könnte man einen Regenreifen nutzen? Wie schnell wäre der Slick ein Vorteil? All das galt es abzuwägen und am Ende stellte sich heraus, dass Andrea Iannone, Julian Simon und Pol Espargaro die beste Entscheidung getroffen hatten, weil sie auf Slicks oder geschnittene Slicks gesetzt hatten.

Allerdings mussten sie geduldig sein, denn beim Start fuhren die Piloten auf Regenreifen erst einmal auf und davon. Nico Terol und Danny Webb hatten sich schnell abgesetzt, dicht hinter ihnen fuhr Simone Corsi ebenfalls auf den Gummis für Niederschlag und dahinter jagten Espargaro, Simon, und Sergio Gadea auf geschnittenen Slicks hinterher. Noch ein paar Sekunden weiter zurück folgten die ersten Slick-Fahrer, darunter Stefan Bradl, Sandro Cortese, Bradley Smith und Iannone.

Webb war bald vorne entflohen, dahinter wurde Terol von Simon und seinen Begleitern geschluckt. Bei Halbzeit waren die Zeiten der Slickfahrer schließlich schneller als jene der Regenreifen-Fahrer und auch jene der Piloten mit geschnittenen Slicks. Bradl holte zu dieser Zeit stark auf, vorne erwischte Simon auf den "Intermediates" bald einmal Webb, der in weiterer Folge immer weiter zurückfiel. Der schnellste Fahrer auf der Strecke war aber Iannone, der Bradl auf den gleichen Reifen mehr als eine Sekunde pro Runde abnahm.

Bald war Iannone, der nach dem Start noch auf Platz zwölf gelegen war, an Bradl vorbei und setzte der Spitze nach, die in Form von Espargaro und Simon noch vor ihm fuhr. Die hatte der Italiener vier Runden vor Schluss eingeholt, wobei Espargaro sein Hinterteil besonders breit zu machen versuchte, um Iannone irgendwie aufzuhalten. Doch der war diesmal nicht aufzuhalten und stellte kurz nach Espargaro auch seinen spanischen Landsmann Simon. Mit dem machte er auf Start-Ziel kurzen Prozess und fuhr einem ungefährdeten Sieg entgegen. Simon und Espargaro konnten ihrerseits Bradl trotz der besseren Reifen an der Maschine des Deutschen hinter sich halten.

Marc Marquez fuhr für KTM den fünften Platz nach Hause und Sandro Cortese sicherte sich noch den sechsten Platz. Auch Jonas Folger lieferte wieder eine starke Leistung ab, indem er hinter Joan Olive Achter wurde. Dominique Aegerter holte als Neunter auch noch einen Platz in den Top Ten, die von Bradley Smith abgeschlossen wurden. Smith hatte eine der haarigsten Szenen des Rennens. Kurz vor Schluss hatte er einen Beinahe-Highsider, konnte ihn abfangen, zerschlug dabei aber mit seinem Kinn den Windschutz. Der Brite musste nach der Zieldurchfahrt in das Medical Centre, um sich an einer stark blutenden Wunde behandeln zu lassen. Der lange führende Webb wurde letztendlich Elfter. Keine Punkte gab es für Randy Krummenaher, der auf Platz 18 ins Ziel kam.