Bis zur letzten Minute ließ sich Alvaro Bautista Zeit, um im zweiten 250cc-Training in Barcelona am Samstag die Bestzeit zu holen. 1:46.122 Minuten war er auf seiner schnellsten Runde unterwegs und lag damit rund drei Zehntel vor Mattia Pasini, der sich vor Bautistas Vorstoß mit Marco Simoncelli um die Bestzeit duelliert hatte. Simoncelli wurde schließlich Dritter, 78 Tausendstelsekunden hinter Pasini. Platz vier in der letzten Session vor dem Qualifying ging an Hector Barbera, der am Freitag wegen eines technischen Defekts nur wenig gefahren war.

Der schnellste Fahrer des Freitags, Alex Debon, kam diesmal über Platz fünf nicht hinaus. Acht Zehntel fehlten ihm auf die Bestzeit. Hiroshi Aoyama, momentan noch WM-Zweiter, landete hinter Mike di Meglio auf Platz sieben. 1,2 Sekunden verlor er auf seinen direkten WM-Rivalen Bautista. Ebenfalls noch in den Top Ten zu finden waren Ratthapark Wilairot, Roberto Locatelli und der Schweizer Thomas Lüthi.