Auch das dritte Qualifying in Folge wurde von den regnerischen Bedingungen in Brünn beeinflusst. Da es aber auch im 1. Qualifying der 250er Klasse am Freitag nass war, wurden alle Bestzeiten am Samstag gefahren.

Demnach stammt auch die schnellste Gesamtzeit aus dem 2. Qualifying. Wie am Freitag war der Spanier Hector Barbera schnell unterwegs. Doch in letzter Sekunde entriss ihm der WM-Führende Marco Simoncelli den ersten Startplatz. Zwischenzeitlich hatten sich die beiden mehrmals an der Spitze abgewechselt und so für eine spannende Qualifyingsession gesorgt. Selbst ein Sturz brachte Simoncelli nicht aus der Ruhe.

Am Ende fuhr sogar Alex Debon noch vor Barbera auf Paltz 2, so dass der Spanier auf seiner Aprilia nur von Platz 3 ins Rennen gehen wird. Die vierte Position belegte Mattia Pasini vor dem Schweizer Tom Lüthi, der sich von Startplatz aus dem 1. Qualifying auf Platz 5 verbesserte. Die Top-8 komplettierten Simon, Kallio und Takahashi. Der einzige deutsche Teilnehmer, Toni Wirsing, landete auf dem 21. Rang.