Das zweite Training der MotoGP in Estoril glich einem Schlagabtausch, wie er sonst nur im Qualifying vorkommt. Je näher das Ende der Session rückte, desto mehr wanderten die Zeiten nach unten. Und es tummelte sich beinahe jeder einmal vorne. Dani Pedrosa, Valentino Rossi, Colin Edwards, Nicky Hayden und andere wechselten sich munter mit der Bestzeit ab. Letztendlich stand dann der Sieger von Jerez ganz vorne. Um vier Hundertstel war Pedrosa schneller als Rossi gewesen.

Auch Edwards mischte mit der Kraft des neuen Yamaha-Motors ganz vorne mit. Er war nur knapp ein Zehntel langsamer als Pedrosa und Hayden verlor als Vierter ebenfalls weniger als zwei Zehntel auf seinen Teamkollegen. Die Abstände waren aber ohnehin knapp. Die ersten zehn Fahrer trennten keine Sekunde. Mit sieben Zehnteln Rückstand auf Position sieben lag Casey Stoner. Seine Session war allerdings nicht problemfrei. Kurz nach Beginn hatte der Weltmeister einen Sturz, der ihn allerdings nicht weiter in Mitleidenschaft zog.

Zwischen Stoner und Hayden fuhren noch Jorge Lorenzo und Andrea Dovizioso. Hinter dem Australier landeten Shinya Nakano, Randy de Puniet und John Hopkins noch in den Top Ten. Loris Capirossi und Chris Vermeulen scheiterten als Elfter und Zwölfter mit ihren Suzukis knapp an den besten Zehn. James Toseland konnte sich trotz neuen Motors nicht so gut in Szene setzen wie sein Teamkollege Edwards. Beim Top Speed war er rund sechs km/h langsamer und zeitlich verlor er 1,4 Sekunden auf Edwards, was ihn auf Position 13 brachte. Dafür dürfte der Brite nun die Strecke besser kennen und sich am Samstag wohl noch steigern.

Wieder mit Problemen unterwegs waren Marco Melandri, Anthony West, Sylvain Guintoli und Toni Elias. Elias musste seine Session nach einem Motorschaden sogar vorzeitig beenden, da ihn irgendwas am Fuß verletzte, als der Motor hoch ging. Was es genau war, wollte das Team noch nicht verraten. Es könnte aber die Kette gewesen sein. Vor dem Vierer-Paket am Ende des Feldes fand sich noch Alex de Angelis. Der Fahrer aus San Marino kämpft mit einer Grippe und musste während der Session auch einmal zu Boden. Er blieb aber unverletzt.