Das gute Wetter, das sich bereits beim 125er-Qualifying gezeigt hatte, hielt auf Phillip Island beim zweiten freien Training der MotoGP zumindest für rund 45 Minuten. Dann war es vorbei mit der Herrlichkeit und von oben ergoss sich in einem kurzen Schauer wieder feuchtes Nass über den Kurs - allerdings nur für wenige Minuten. Die Fans dürfte es - abgesehen von der plötzlich einkehrenden Ruhe an der Strecke - wenig gestört haben, denn bei den bis zum Einsetzen des Regens trockenen Bedingungen war Lokalmatador Casey Stoner wieder klar der schnellste gewesen. Zwar lag er nicht so klar vorne wie am Morgen, aber im Trockenen gingen auch alle volles Risiko - Stoner nach dem Schauer im leicht Nassen allerdings auch, weswegen er im Kies landete. Dennoch lag der Australier immerhin rund drei Zehntel vor seinem nächsten Verfolger.

Dass der am Ende nicht Dani Pedrosa hieß, lag daran, dass die Piloten nach Ende des Regens schnell wieder eine trockene Strecke vorfanden und noch einmal Gas geben konnten. Stoner war nach seinem Ausrutscher - übrigens in der gleichen Kurve in der wenige Momente vorher sein Kumpel Chaz Davies gestürzt war - nicht mehr im Einsatz und es durfte zum Angriff geblasen werden. Darunter litt Pedrosas bis dahin zweitbeste Zeit, denn der Spanier konnte sich nicht mehr verbessern, sondern wurde von Marco Melandri überholt. Damit blieb für Pedrosa lediglich Rang drei.

Die viertbeste Zeit wurde von Valentino Rossi eingefahren, der sich nach dem Regen auch noch einigermaßen steigern konnte. Dennoch fehlten dem Italiener rund sechseinhalb Zehntel zur Spitze. Randy de Puniet zeigte mit Platz fünf, dass seine gute Leistung vom Vormittag nicht nur auf die schlechten Bedingungen zurückzuführen war und Alex Barros erlebte als Sechster eine kleine Renaissance - allerdings fand er sich nach dem Regen auch in der Wiese wieder. Ebenfalls noch in die Top Ten kamen Carlos Checa, Loris Capirossi, Nicky Hayden und Anthony West.

Überraschend weit zurück waren wieder die Suzukis. John Hopkins beendete das Training als Elfter und Chris Vermuelen fand sich auf Platz 14. Damit lag er hinter Chaz Davies, der wegen technischer Probleme erst mit etwas Verspätung in die Session gestartet war und sie nach seinem Ausrutscher auch vorzeitig beenden musste. Davies verlor bei seinem Debüt als Ganz-Wochenends-Fahrer aber rund 1,8 Sekunden auf seinen Teamkollegen.

Das Ergebnis des zweiten MotoGP-Trainings auf Phillip Island