Es war wieder einmal eine knappe Angelegenheit, als die 250er-Piloten in Motegi am Freitag die provisorischen Startplätze für das Rennen am Sonntag ausfuhren. Am Ende trennte die ersten Vier nicht einmal eine Zehntelsekunde. Den Spitzenplatz hatte sich bei dieser Hundertstel-Entscheidung Alex Debon gesichert. WM-Spitzenreiter Marco Simoncelli lag lediglich 26 Tausendstel dahinter, Hector Barbera fehlten 54 Tausendstel und KTM-Pilot Hiroshi Aoyama war als Vierter 95 Tausendstel zurück. Auf dem Weg zur Pole hatte Debon allerdings einen kleinen Stolperer, da er zur Mitte der Session stürzte. Als es darauf ankam, zeigte er sich davon aber unbeeindruckt.

Jenseits von Reihe eins waren die Abstände vergleichsweise groß. Alvaro Bautista lag als Fünfter rund drei Zehntel hinter der Bestzeit und Yuki Takahashi als Sechster rund dreieinhalb. Hector Faubel und Julian Simon waren mit rund sechs, beziehungsweise acht Zehntelsekunden Rückstand fast schon Welten zurück - im Vergleich zu den Abständen unter den Top Vier zumindest. Simon hatte während des Qualifyings allerdings auch ein Problem.

Ein wenig unbehaglich dürfte Mika Kallio bei einem Blick auf die Wertung geworden sein. Der Finne, der engster WM-Verfolger von Simoncelli ist, musste sich mit Rang zwölf begnügen und hatte 1,2 Sekunden auf die Spitze verloren. Mit dem KTM-Piloten teilen sich noch Roberto Locatelli, Aleix Espargaro und Mattia Pasini die provisorische dritte Reihe.