Wenn auf den Rennstrecken dieser Welt nach nassen Nächten irgendwann eine trockene Linie entsteht, dann werden die Trainings an ihrem Ende meist zu Jagden nach der besten Zeit, weil es schneller und schneller wird. In Brünn war dem nicht so, denn dort fuhr Mika Kallio bereits frühzeitig eine klare Bestzeit und wurde auch nicht mehr von der Spitze verdrängt - auch wenn ihm die Konkurrenz noch etwas näher kam. Julian Simon schaffte es immerhin, noch bis auf rund acht Zehntelsekunden an seinen KTM-Markenkollegen heranzukommen. Auch die dritte KTM im 250er-Feld war weit vorne. Hiroshi Aoyama fuhr auf Rang drei, 1,2 Sekunden hinter Kallio.

Hinter den Fahrern auf österreichischem Material hatte sich Roberto Locatelli auf Position vier eingereiht, durfte allerdings feststellen, dass Kallio ihm bereits um 1,5 Sekunden enteilt war. Lukas Pesek, Fabrizio Lai, Alex Debon und Yuki Takahashi komplettierten die Top Acht. Aprilia schaffte es diesmal lediglich mit vier Motorrädern unter die besten Zehn - neben Pesek und Debon waren noch Hector Faubel und Mattia Pasini dort zu finden. WM-Leader Marco Simoncelli musste sich sogar mit Position 13 begnügen, dafür hatte Wildcard-Fahrer Toni Wirsing dank der Bedingungen einen guten Auftritt. Der Deutsche wurde 14. und lag damit direkt vor Thomas Lüthi.