Im ersten Qualifying am Donnerstagnachmittag hatte Marco Simoncelli in Assen noch hinter Alvaro Bautista und Hector Barbera mit Platz drei vorlieb nehmen müssen, am Freitagvormittag war der Italiener auf einer mittlerweile trockenen Strecke wieder ganz vorne - und das vor Bautista und Barbera. Eineinhalb beziehungsweise zweieinhalb Zehntelsekunden hatte Simoncelli zwischen sich und seine Verfolger gebracht und damit schon einmal angedeutet, dass es bei einem trockenen zweiten Qualifying am Nachmittag an der Spitze durchaus noch Verschiebungen geben könnte. Hinter den Top Drei klaffte bereits eine größere Lücke, so war Alex Debon als Vierter schon fast eine Sekunde zurück.

Ein Lebenszeichen von sich gab Hector Faubel, der in dieser Saison nach dem Umstieg in die 250er bislang blass geblieben war. Er konnte Trainingsrang fünf einfahren und sorgte damit dafür, dass vier Aprilias unter den ersten Fünf waren. Yuki Takahashi platzierte sich und seine Honda auf Rang sechs und ihm folgte Roberto Locatelli. Für KTM gab es die Positionen acht, neun und zwölf, wobei Hiroshi Aoyama und WM-Leader Mika Kallio jene Beiden unter den Top Ten waren. Auf dem zehnten Platz und damit wieder etwas verbessert zeigte sich Manuel Poggiali. Thomas Lüthi hatte dafür eine schwierige Session und musste sich am Ende mit Rang 13 zufrieden geben.