Dani Pedrosa und Honda hatten am Freitag in Sepang alles fest im Griff. Nach seiner Bestzeit im ersten Training legte der Spanier am Nachmittag noch einmal nach und verbesserte seine Zeit bis auf 2:01.250 Minuten. Damit war er in seiner ganz eigenen Liga unterwegs, denn sogar der frisch gebackene Weltmeister Casey Stoner, der in dieser Saison bislang in Überform war, hatte 0,820 Sekunden Rückstand und war damit noch relativ einsamer Zweiter. Andrea Dovizioso hatte auf Rang drei bereits 1,414 Sekunden auf Pedrosa verloren.

Noch zufriedener waren die Honda-Gesichter, weil insgesamt die ersten fünf Plätze des Trainings an Honda gegangen waren. Marco Simoncelli hatte sich noch Rang vier und Satelliten-Fahrer Hiroshi Aoyama Platz fünf gesichert. Erst darauf folgte das Verfolgerfeld und das wurde von Colin Edwards angeführt, der als Sechster 1,741 Sekunden hinter Stoner lag. Alvaro Bautista war auf seiner Suzuki Siebter, Randy de Puniet pilotierte als Achter die schnellste Ducati und Ben Spies musste sich mit dem neunten Platz zufriedengeben.

Wieder zu kämpfen hatten die Werks-Ducatis. So erreichte Nicky Hayden hinter Ducati-Kunde Karel Abraham lediglich Platz elf, Valentino Rossi musste sogar mit Position 13 Vorlieb nehmen, wo er noch hinter Loris Capirossi lag. Rossi war nur knapp vor Wildcard-Fahrer John Hopkins, der als 14. 2,635 Sekunden auf Stoner und rund zwei Zehntel auf den neunfachen Weltmeister verloren hatte. Cal Crutchlow, Toni Elias, der angeschlagene Hector Barbera und Jorge Lorenzos Ersatzfahrer Katsuyuki Nakasuga waren auf den letzten Plätzen zu finden. Nakasuga plagte sich ebenfalls ein wenig, nachdem er wieder zu Sturz gekommen war und sich den Rücken angeschlagen hatte.