Die starken Regenfälle der Nacht hatten die Strecke in Brünn am Samstagmorgen mit einem schön nassen Überzug zurückgelassen und es war an den Fahrern der 125er-Klasse, die Trockenlegungsarbeiten zu beginnen. Trotz der schwierigen Bedingungen ging es recht sturzarm zu. Lediglich Andrea Iannone und Lukas Sembera wurden dabei erwischt, als sie ihre Maschinen in den Kies rutschen ließen. Iannone schien sein Sturz nicht weiter gestört zu haben, denn der Italiener konnte am Ende immerhin den zweiten Trainingsrang nur 93 Tausendstel hinter Nicolas Terol verbuchen. Bradley Smith hatte als Dritter bereits rund sechs Zehntel Rückstand, Lorenzo Zanetti auf Rang vier schon sieben.

Für den Lichtblick aus deutschsprachiger Sicht sorgte diesmal Michael Ranseder. Der Österreicher, der sich im Nassen generell wohl fühlt, konnte hinter KTM-Pilot Raffaele de Rosa den sechsten Platz einfahren. Die Top Ten komplettierten Scott Redding, Gabor Talmacsi, Marc Marquez und Danny Webb. Sandro Cortese erreichte den zwölften Rang und zog sich damit gut aus der rutschigen Affäre. Auch Robin Lässer war gut unterwegs und konnte sich auf Position 19 fahren.

Jonas Folger lieferte an seinem erst zweiten Trainingstag in der WM eine weitere Talentprobe ab, blieb bei den schwierigen Bedingungen auf der Maschine sitzen und kam auf den 21. Rang. Dominique Aegerter, Stefan Bradl und Randy Krummenacher taten sich etwas schwerer. Aegerter wurde als 25. gewertet, Bradl musste sich mit Platz 30 zufrieden geben und Krummenacher wurde lediglich 32.