Dank der 37 Starter war wieder einiges los, als die Piloten der 125er-Klasse in Brünn die endgültige Startaufstellung für das Rennen am Sonntag ermittelten. Maschine reihte sich an Maschine und deswegen waren die Fahrer als erstes darum bemüht, eine freie Runde zu finden. Das gelang aber allen einigermaßen und da auch das Wetter mitspielte, gab es am Ende der Session die gewohnt hektischen Minuten, in denen jeder noch einmal ein Sahnehäubchen auf seine Rundenzeit setzen wollte. Am besten gelang das Gabor Talmacsi, der sich mit seiner Zeit von 2:06.861 nicht nur den Pole-Rekord, sondern auch die Pole Position sicherte.

Für den Pole-Mann vom Freitag, Lukas Pesek, war das Qualifying ein kleines Abenteuer. Denn etwa zur Halbzeit landete er mitsamt Maschine nach einem Highsider im Kiesbett und beeilte sich danach, zur Box zurückzukommen. Dort traf er schließlich auch noch mit genügend Zeit auf der Uhr ein, musste aber auf die Ersatzmaschine steigen. Damit konnte er seine Zeit nicht mehr entscheidend verbessern, weswegen ihm am Ende nur der fünfte Startplatz blieb. Zwischen ihm und Talmacsi platzierten sich noch Hector Faubel, Mattia Pasini und Tomoyoshi Koyama. Allerdings hatten Faubel und Pasini bereits mehr als eine halbe Sekunde Rückstand auf die Bestzeit. Koyama und Pesek waren rund 1,3 Sekunden zurück.

Für Randy Krummenacher endete das Qualifying zwar mit einem Sturz, den dürfte er aber einigermaßen verschmerzt haben, da er sich den sechsten Startplatz angelte. Auch Sandro Cortese schaffte es in Reihe zwei. Seinen fünften Platz vom Freitag konnte er zwar nicht ganz halten, aber immerhin erreichte er Startposition acht. Aber auch Cortese kam nicht problemfrei durch die Session. So hatte er kurz nach Beginn ein Problem mit dem Motorrad und musste langsam an die Box zurückfahren. Zwischen dem Aprilia-Piloten und Krummenacher wird am Sonntag Sergio Gadea ins Rennen gehen. Michael Ranseder beendete das Qualifying auf dem elften Platz, womit er seine Position vom Freitag gehalten hat. Dominique Aegerter und Toni Wirsing fanden sich wieder etwas weiter hinten im Klassement. Aegerter qualifizierte sich als 29. und Wirsing wird das Rennen als 31. starten.