Der Regen in Misano ermöglichte es den Fahrern nicht, sich zu verbessern und so behielt Danilo Petrucci die Pole Position für das Rennen am Sonntag. Während der zweiten Qualifikationsrunde blieben die meisten Fahrer in der Box, denn die Zeiten, die von anderen aufgestellt wurden waren mindestens 20 Sekunden langsamer als im ersten Durchgang. Somit sieht die erste Reihe wie folgt aus: Petrucci vor Davide Giugliano, Sylvain Barrier und Andrea Antonelli.

Die rutschige Strecke forderte auch einige Opfer. Der bekannteste Kandidat auf dem Hosenboden war Sylvain Barrier, der mit seiner BMW von Platz drei ins Rennen geht.

Niccolo Canepa blieb auf der fünften Position vor Lorenzo Zanetti und Sheridan Morais. Michele Magnoni geht als Achter ins Rennen vor Massimo Bussoltti, der genau wie Lorenzo Baroni seine Zeit aus dem ersten Quali-Training behielt und die Top-10 komplettiert.

Ergebnisse, Misano, QT2, STK1000:

1 D. PETRUCCI ITA Ducati 1098R 1'39.118
2 D. GIUGLIANO ITA Ducati 1098R 1'39.550 +0.432
3 S. BARRIER FRA BMW S1000 RR 1'39.776 +0.658
4 A. ANTONELLI ITA Honda CBR1000RR 1'39.891 +0.773
5 N. CANEPA ITA Kawasaki ZX-10R 1'39.911 +0.793
6 L. ZANETTI ITA BMW S1000 RR 1'40.089 +0.971
7 S. MORAIS RSA Kawasaki ZX-10R 1'40.262 +1.144
8 M. MAGNONI ITA BMW S1000 RR 1'40.306 +1.188
9 M. BUSSOLOTTI ITA Kawasaki ZX-10R 1'40.333 +1.215
10 L. BARONI ITA Ducati 1098R 1'40.339 +1.221
11 B. STARING AUS Kawasaki ZX-10R 1'40.366 +1.248
12 F. MASSEI ITA BMW S1000 RR 1'40.603 +1.485
13 E. LA MARRA ITA Honda CBR1000RR 1'40.682 +1.564
14 L. SAVADORI ITA Kawasaki ZX-10R 1'40.950 +1.832
15 A. BOSCOSCURO ITA Ducati 1098R 1'41.298 +2.180
16 L. VERDINI ITA Honda CBR1000RR 1'41.303 +2.185
17 M. REITERBERGER GER BMW S1000 RR 1'41.400 +2.282
18 M. LUSSIANA FRA BMW S1000 RR 1'41.523 +2.405
19 N. VIVARELLI ITA Kawasaki ZX-10R 1'41.534 +2.416
20 D. BERETTA ITA Honda CBR1000RR 1'41.706 +2.588
21 L. MERCADO ARG Kawasaki ZX-10R 1'41.788 +2.670
22 B. BEATON AUS BMW S1000 RR 1'42.085 +2.967
23 T. SVITOK SVK Ducati 1098R 1'42.153 +3.035
24 R. TEN NAPEL NED Honda CBR1000RR 1'42.153 +3.035
25 J. GUARNONI FRA Yamaha YZF R1 1'42.198 +3.080
26 R. ANASTASIA ITA Honda CBR1000RR 1'42.557 +3.439
27 G. BERCLAZ SUI Honda CBR1000RR 1'42.899 +3.781
28 R. PAGAUD FRA BMW S1000 RR 1'42.913 +3.795
29 T. CAIANI SUI Kawasaki ZX-10R 1'43.101 +3.983
30 M. WALKOWIAK POL Honda CBR1000RR 1'43.181 +4.063
31 A. GYORFI HUN Honda CBR1000RR 1'43.282 +4.164
32 M. SALAC CZE BMW S1000 RR 1'44.258 +5.140
33 S. BATISTA POR Kawasaki ZX-10R 1'45.397 +6.279
34 B. VRAJITORU ROU Yamaha YZF R1 1'45.844 +6.726