Das dritte Training der Moto3 war am Samstagmittag in Malaysia eine zweigeteilte Angelegenheit. Begann die Session einigermaßen trocken, so wurde es nach rund 20 Minuten richtig nass, da der Regen wieder einmal seine Aufwartung machte. Bis das feuchte Nass vom Himmel fiel, hatte sich der Japaner Takaaki Nakagami am schnellsten um den Kurs bewegt und lag deswegen am Ende mit einer Bestzeit von 2:08.145 Minuten an der Spitze. Ihm folgten vier Fahrer innerhalb einer Zehntelsekunde, Johann Zarco, Scott Redding, Toni Elias und Pol Espargaro.

Espargaro hatte bei nasser Strecke dann auch sehr gute Zeiten, allerdings kam er einmal zu Sturz, wobei weder ihm noch seiner Maschine etwas passierte. Julian Simon, Mika Kallio, Thomas Lüthi, Esteve Rabat und Marc Marquez waren ebenfalls noch in den Top-10 zu finden. Interessant war, dass Marquez die letzten Trainingsminuten inaktiv verstreichen ließ und nicht mehr auf die Strecke ging. Am Freitag hatte er im Nassen gute Zeiten gezeigt, diesmal schien er kein Interesse zu haben, weitere Regendaten zu sammeln.

Für Dominique Aegerter endete das dritte Training auf dem 14. Platz, Marcel Schrötter wurde nach einem Sturz als 23. gewertet und die beiden Schweizer Marco Colandrea und Jesko Raffin waren auf den Positionen 30 und 32 zu finden. Schon vor der Ankunft des Regens gestürzt war Eric Granado, der Brasilianer war aber ebenfalls glimpflich davongekommen. Nach Beginn des Regens hatte es noch Xavier Simeon mit einem Sturz erwischt..