Im 3. Freien Training zu den 6 Stunden von Fuji wendete sich das Blatt erneut. Kazuki Nakajima erzielte eine Zeit von 1:27.117 Minuten und stellte damit seinen Toyota an die Spitze des Klassements. Dahinter reihten sich die beiden Audi mit 0.146 (Benoit Treluyer) bzw. 0.181 (Allan McNish) Sekunden Rückstand ein. Toyotas zweiter Bolide folgte mit 0.419 Sekunden Rückstand. Die Bestzeit in der LMP2 ging an Olivier Pla im Morgan-Nissan von Oak Racing.

Bei den GT-Boliden durfte sich Porsche über die erste Bestzeit in der GTE Pro freuen, nachdem Patrick Pilet eine 1:39.989 anschreiben konnte und damit um 0.037 Sekunden schneller war als Stefan Mücke im Aston Martin. Lieb/Lietz folgten auf Rang drei vor Bruni/Fisichella. Kamui Kobayashi und Toni Vilander konnten aufgrund ihres Lecks im Tank nicht starten, da die entsprechenden Ersatzteile aus Italien per Flugzeug nicht rechtzeitig für die Session eingetroffen waren.