Audi sicherte sich im zweiten Freien Training zu den 6 Stunden von Fuji die Bestzeit. Loic Duval setzte im R18 e-tron quattro mit der Nummer zwei in 1:27.333 Minuten die schnellste Runde des Tages. In der Schlussphase konnte der Franzose damit Marcel Fässlers Bestzeit um mehr als eine halbe Sekunde unterbieten und das Schwesternauto auf Rang zwei verdrängen.

Toyotas Nummer acht, am Vormittag noch mit Bestzeit, war erneut der schnellere der beiden japanischen Boliden, Stephane Sarrazin musste sich im Kampf um die zweite Position nur um 0,112 Sekunden geschlagen geben, der zweite Toyota folgte mit einem Rückstand von nur vier Hundertstel. Die Bestzeit der LMP2 schnappte sich Mike Conway im Oreca-Nissan von G-Drive Racing in 1:32.662 Minuten.

In der GTE Pro wurde die Vormittags-Bestzeit von Frederic Makowiecki in der zweiten Session nicht geknackt. Aston Martins Richie Stanaway kam nur bi auf 0.3 Sekunden an den Richtwert seines Markenkollegen heran. Das Ferrari/Duo Bruni/Fisichella folgte mit weiteren drei Zehntelsekunden Rückstand und verwies Lieb/Lietz (Porsche) um 0.005 Sekunden auf Rang vier des Tagesklassements. Keine Rundenzeit konnten Kobayashi/Vilander im zweiten Training setzen, da ein Leck im Tank des Ferrari geflickt werden musste.