Toyota legte bei den 6 Stunden von Fuji die erste Trainingsbestzeit vor. Anthony Davidson setzte gegen Ende der 90-minütigen Session eine Bestmarke von 1:28.325, die kein Fahrer mehr unterbieten konnte. Das Audi-Trio Lotterer/Treluyer/Fässler musste sich um 0.113 Sekunden geschlagen geben, Rang drei mit 0.351 Sekunden Rückstand ging an das zweite Audi-Trio bestehend aus Tom Kristensen, Loic Duval und Allan McNish, das allerdings nur fünf gezeitete Runden anschreiben konnte.

Duval kollidierte in der Anfangsphase mit dem Aston Martin von Kristian Poulsen, sorgte damit für eine Rote Flagge und musste den Rest des Trainings an der Box verbringen, da die Audi-Mechaniker das beim Crash beschädigte Getriebe des #2-Autos wechseln mussten. Trotz der kurzen Laufzeit war Audis zweites Auto schneller als der zweite Toyota, der mit 0.637 Sekunden Rückstand auf Rang drei landete. In der LMP2 schnappten sich Richard Bradley, Hiroshi Koizumi und Tsuigio Matsuda im Morgan-Nissan die Bestzeit vor Pierre Kaffer, Nicolas Minassian und Luis Perez Companc (+0.438 Sek.).

Im spannenden Titelkampf in der GTE Pro legte Aston Martin vor. Darren Turner, Stefan Mücke und Frederic Mackowiecki konnten sich um 0.787 Sekunden vor dem Porsche-Duo Jörg Bergmeister und Patrick Pilet durchsetzen. Die Meisterschaftsführenden Bruni/Fisichella kamen nicht über Rang fünf ihrer Klasse hinaus und lagen damit auch 0.024 Sekunden hinter Marc Lieb und Richard Lietz im Porsche. Die Bestzeit in der GTE Am holten Raymond Narac, Jean-Karl Vernay und Markus Palttala (Porsche).