Jakub Smrz konnte in dieser Saison schon für einige Überraschungen sorgen und in Kyalami setzte er seine guten Leistungen weiter fort. In der Qualifikation zur Superpole fuhr der Tscheche Bestzeit, mit 1:38.292 Minuten. Damit verwies er Ducati Werksfahrer Michel Fabrizio mit 0.185 Sekunden Vorsprung auf Rang zwei. Cal Crutchlow kam mit Yamaha auf Rang drei, trotz eines technischen Problems, dass seine Qualifikation vorzeitig beendete. Jonathan Rea folgte auf Vier, vor Leon Haslam der eine halbe Sekunde Rückstand auf die Spitze hatte. Damit waren vier verschiedene Hersteller unter den Top-5 vertreten.

Die zweite Hälfte der ersten Zehn wurde durch Carlos Checa, Troy Corser, Max Biaggi, Sylvain Guintoli und Leon Camier ausgemacht. Bis zu Rang zwölf mit Shane Byrne lagen die Fahrer innerhalb von einer Sekunde. Erst auf Rang 13 folgte Ducati Fahrer Noriyuki Haga. Der Kyalami Sieger der vergangenen Saison hat weiter mit der Ducati zu kämpfen.

Unterdessen fanden sich Yamahas James Toseland und Ten Kate Honda Fahrer Max Neukirchner nur auf den Plätzen 17 und 18 wieder, ein weiterer bekannter Name folgte auf Rang 19 mit Chris Vermeulen. Als letzter Fahrer qualifizierte sich Broc Parkes für die Superpole. Roger Lee Hayden verpasste den Einzug als 21. und mit 0.426 Sekunden Rückstand auf den Australier Parkes.