Bei typisch malaysischen Bedingungen konnte Sylvain Guintoli seine Trainingsbestzeit vom Freitag am Samstagmorgen in Sepang weiter herunterschrauben. Trotz Hitze und Feuchtigkeit gelang ihm eine schnellste Runde von 2:03.921 Minuten, womit er sich abermals die beste Platzierung sicherte und den idealen Ausgangspunkt für die Superpole schuf. Davide Giugliano und Tom Sykes zogen an den Kollegen mit GP-Erfahrung vorbei und schnappten sich am Ende der dritten Session mit 0.411, respektive 0,671 Sekunden Rückstand auf Guintoli die Plätze zwei und drei.

Marco Melandri wurde bis auf Position vier nach hinten verschoben, auch Toni Elias wurde durchgereicht und landete mit 0.857 Sekunden Rückstand auf Guintoli schließlich auf der fünften Position. Loris Baz gewöhnte sich immer besser ein und angelte sich als letzter Pilot innerhalb einer Sekunde mit der Bestzeit des Aprilia-Piloten an der Spitze den sechsten Rang. Chaz Davies belegte Platz sieben vor Jonathan Rea, während Eugene Laverty und Leon Haslam die letzten Fahrer waren, die es dank einer Platzierung unter den Top-10 direkt in Superpole zwei schafften.

WSBK-Rookie Alex Lowes musste sich geschlagen geben und nimmt als Elfter gleichzeitig als Erster den Weg über die Superpole eins. Niccolo Canepa sicherte sich mit Rang zwölf den besten EVO-Rang, muss aber wie seine Verfolger David Salom, Ayrton Badovini und Christian Iddon in Superpole eins. Sheridan Morais, Leon Camier, Claudio Corti, Jeremy Guarnoni und Fabien Foret sind die letzten Fahrer, die es in die entscheidende Qualifikation am Nachmittag schaffen. Für Andrea Andreozzi, Romain Lanusse, Bryan Staring, Imre Toth, Peter Sebestyen, Geoff May und Aaron Yates bleibt am Samstag lediglich das vierte Training.