Mit dieser Startaufstellung für den Tschechien-Grand-Prix hätte wohl niemand gerechnet - Cal Crutchlow sicherte sich seine zweite Pole Position in dieser Saison vor Alvaro Bautista. Erst dahinter folgten die spanischen Favoriten Marc Marquez, Dani Pedrosa und Jorge Lorenzo. Für Pedrosa und Lorenzo galt es, im Rennen den Rückstand auf Marquez in der Weltmeisterschaft verkleinern. Ein spannender Grand Prix war also garantiert.

Jorge Lorenzo läuft Dani Pedrosa langsam aber sicher den Titel des besten Starters im Feld ab. Wie schon in Indianapolis kam er am besten Weg und bog als Führender in die erste Kurve ein, obwohl er nur von Platz fünf aus gestartet war. Cal Crutchlow konnte seine Pole Position jedoch erneut nicht nutzen und musste auch Marc Marquez und Dani Pedrosa am Start ziehen lassen. Lorenzo machte gleich zu Beginn des Rennens ernst und fuhr in den ersten beiden Runden fast 1,5 Sekunden Vorsprung heraus. Im dritten Umlauf konterte Marquez jedoch und drückte den Abstand wieder auf rund eine Sekunde. Dahinter braute sich zwischen Crutchlow, Bautista und Valentino Rossi nach ihrer sensationellen letzten Runde in Indianapolis erneut ein interessanter Dreikampf zusammen.

Einige Piloten hatten sich zu diesem Moment schon aus dem Rennen verabschiedet. Hector Barbera und Claudio Corti kollidierten, Bradley Smith und Lukas Pesek stürzten. Wildcard-Pilot Martin Bauer ging ebenfalls zu Boden, er konnte aber im Gegensatz zu Barbera, Corti, Smith und Pesek sein Rennen fortsetzen.

An der Spitze setzte sich wieder einmal das spanische Trio Lorenzo, Marquez und Pedrosa ab, wobei Lorenzo seinerseits knapp fünf Zehntel Vorsprung auf die Repsol-Honda-Piloten hatte. Seine Verfolger näherten sich jedoch zusehends, während Crutchlow die schnellsten Zeiten im Feld fuhr. Allerdings nur bis Runde sieben, als er es in der Zielkurve übertrieb und in den Kies rutschte. Er konnte seine Yamaha zwar zurück auf die Strecke bringen, sein Rennen war aber natürlich gelaufen. Aus dem Dreikampf um Platz vier war also ein Zweikampf geworden, in dem Rossi sofort an Bautista vorbeiging.

Mit noch neun zu fahrenden Runden begann es leicht zu nieseln und die weiße Flagge wurde geschwenkt. Die Piloten hatten also nun die Möglichkeit, auf ihre Wet-Bikes zu wechseln. Vorerst sah aber niemand einen Grund dazu und schon bald hatte der Regen wieder aufgehört. Nun wagte Marquez den Angriff auf Lorenzo. Sieben Runden vor Ende bremste er sich neben Lorenzo in Kurve drei, dieser konterte aber in Kurve vier und holte sich die Führung zurück. In derselben Runde bahnte sich der Rookie aber in Kurve elf den Weg an die Spitze.

Diese behielt er für zwei Runden, dann schlug Lorenzo in der Zielschikane zurück und ging wieder vorbei, nur um Marquez in Kurve drei wieder ziehen lassen zu müssen. Der Kampf um den Sieg war nun offiziell eröffnet. Drei Umläufe vor Ende musste Lorenzo auch Pedrosa ziehen lassen, der nun Jagd auf seinen Teamkollegen an der Spitze machte. Marc Marquez hielt aber dagegen und sicherte sich seinen vierten Sieg in Serie. Dani Pedrosa holte Rang zwei vor Jorge Lorenzo. Dahinter entschied Valentino Rossi den Kampf um Rang vier gegen Alvaro Bautista für sich, Stefan Bradl wurde Sechster. Martin Bauer kam bei seinem WM-Debüt nach dem frühen Sturz auf Rang 21.