Bei bestem Wetter konnte die Moto3 am Samstagmorgen in Estoril in ihr drittes Training starten. Zwar hieß es von der Strecke, die Zielkurve biete noch ein paar feuchte Stellen, die Fahrer ließen sich das aber nicht anmerken. An Stürzen gab es nur einen durch Adrian Martin, ansonsten blieben alle Fahrer im Sattel. Am schnellsten auf seiner Maschine gefahren war Maverick Vinales, der mit 1:47.492 Minuten die Bestzeit markierte. Damit hatte er kurz vor Schluss noch Sandro Cortese abgefangen, der lange vorne gelegen hatte und sich letztendlich um 0,189 Sekunden geschlagen geben musste.

Lokalmatador Miguel Oliveira hatte sich zur Mitte der Session an der Spitze festgesetzt, am Ende verlor er aber rund eine halbe Sekunde auf Vinales und sicherte sich damit Platz drei. Danny Kent, Luis Salom und Alberto Moncayo bildeten die zweite Hälfte der Top-Sechs, die um 0,738 Sekunden getrennt waren. Ab dem siebten Rang und Zulfahmi Khairuddin betrug der Abstand nach vorne bereits mehr als eine Sekunde. Romano Fenati, Jakub Kornfeil und Alan Techer waren die letzten Drei in den Top-10.

Relativ weit von den besten Zehn entfernt waren Marcel Schrötter, Giulian Pedone, Toni Finsterbusch und Wildcard-Starter Kevin Hanus. Schrötter hatte sich als 27. noch am besten platziert, Pedone folgte direkt dahinter, Finsterbusch war auf Platz 31 und Hanus hatte den 34. Platz eingefahren.