In etwa die halbe Renndistanz brauchte Valentino Rossi in Sepang, um den bis dahin führenden Dani Pedrosa zu überholen und danach dem Sieg entgegen zu fahren. Nur drohender Regen schien Rossi noch aufhalten zu können und es wurden auch weiße Flaggen gezeigt, die einen Maschinen-Wechsel erlaubt hätten, es blieb abgesehen von ein paar Tropfen aber trocken. Der Italiener holte damit seinen neunten Sieg in diesem Jahr und verwehrte Pedrosa den ersten Triumph mit Bridgestone. Für den Spanier blieb am Ende immer noch Rang zwei, womit er den Aufwärtstrend auf den neuen Reifen weiter fortsetzen konnte - auch wenn er eigentlich ohnehin nur mehr ein Rennen Zeit hat, bevor dann alle Bridgestones fahren werden.

Ungeachtet der frühen Entscheidung an der Spitze wurde hart um Rang drei gekämpft, wobei sich Andrea Dovizioso gegen eine Reihe von Werksfahrern behaupten musste. In seinem Nacken saßen Nicky Hayden, Casey Stoner, der von 15 gestartete Shinya Nakano, Loris Capirossi und auch Colin Edwards, der der einzige in der Gruppe war, der wie Dovizioso auf einem Satelliten-Motorrad unterwegs war. Nicht lange in der Gruppe dabei war Jorge Lorenzo, der in Runde zwölf aus der ersten Kurve rutschte, danach mit Defekt aufgeben musste und sich damit so wie James Toseland vorzeitig aus dem Rennen verabschiedete. Den Briten hatte es kurz nach dem Start erwischt.

Apropos Start: den hatte Toni Elias zu früh erwischt und der Spanier musste deswegen eine Durchfahrtsstrafe absitzen, die ihn weit zurückwarf. Mit den vorderen Plätzen hatte er dadurch trotz ähnlich guter Rundenzeiten nichts zu tun. Dort zog sich die Gruppe in den letzten Runden immer weiter auseinander. Stoner, Capirossi und Edwards fielen zurück, Hayden, Nakano und Dovizioso kämpften derweil um jeden Zentimeter. Vor allem Hayden und sein Repsol-Honda-Nachfolger schenkten sich gar nichts. Drei Runden vor Schluss verpasste Hayden eine Kurve dann fast und fiel zurück. Zwar kam der Amerikaner schnell wieder heran, aber Nakano schien dadurch Boden verloren zu haben, den er nicht mehr gutmachen konnte.

Dadurch ging es zwischen Dovizioso und Hayden um den letzten Podestplatz und es war die letzte Runde, die die Entscheidung bringen musste. Hayden versuchte es auch mit allen Mitteln, doch auch ein verzweifelter Angriff in der letzten Kurve half nicht mehr und Dovizioso konnte seinen ersten Podestplatz in der MotoGP einfahren. Hinter Nakano auf fünf wurde Stoner Sechster. Ihm folgten Capirossi, Edwards, Chris Vermeulen und Randy de Puniet in den Top Ten. John Hopkins, Anthony West, Sylvain Guintoli, Alex de Angelis und Toni Elias hießen die restlichen Fahrer in den Punkten. Elias hatte sich am Ende noch Marco Melandri geschnappt, der wieder einmal keine gute Pace gehen konnte.