Hatte er sich am Freitag nur im Regen wohl gefühlt, so konnte Nicky Hayden am Samstagmorgen im dritten Training der MotoGP auf Phillip Island auch im Trockenen ordentlich Gas geben. In den letzten Momenten der Session fuhr der Amerikaner mit einer 1:30.558 an die Spitze der Zeitenliste und ließ damit Casey Stoner um rund sechs Hundertstelsekunden hinter sich. Auf das gesamte Wochenende gesehen blieb allerdings Stoner mit seiner Freitagmorgen-Zeit der Schnellste. Position drei holte sich am Samstagmorgen Jorge Lorenzo, der rund eineinhalb Zehntelsekunden hinter Haydens Zeit geblieben war. Alex de Angelis konnte als Vierter wieder einmal seine gute Trainingsform zeigen.

Hinter Colin Edwards wurde Valentino Rossi Sechster, hatte mit etwas mehr als vier Zehnteln Rückstand aber noch Tuchfühlung nach vorne. James Toseland, Andrea Dovizioso, Shinya Nakano und Dani Pedrosa hatten es auch noch in die Top Ten geschafft. Trotz trockener Bedingungen gab es auch ein paar kleinere Stürze. Zu den verunfallten gehörten Stoner, Marco Melandri, Toni Elias, Sylvain Guintoli und Loris Capirossi. Folgen schien keiner der Stürze gehabt zu haben.