Starke Regenfälle und Asphalttemperaturen um die 22 Grad Celsius machten das zweite Training der Königsklasse in Indianapolis zu einer Rutschpartie sondergleichen. Kaum ein Fahrer konnte eine gelegentliche Ausfahrt in die Wiese vermeiden.

Dennoch wurden zu Beginn des Trainings schnelle Zeiten gefahren. Allen voran Anthony West, der an seine Leistung vom Morgen anknüpfen konnte. Auch Valentino Rossi zeigte eine ansteigende Form, er fuhr Bestzeiten, als Casey Stoner noch nicht einmal ins Geschehen des Nachmittags eingegriffen hatte. Erst nach 20 Minuten schickte sich der Australier an, ein paar schnelle Rundenzeiten auf den Asphalt zu zaubern. Am Ende blieb dennoch nur der achte Platz.

Neben Anthony West wurde auch dessen Landsmann Chris Vermeulen seinem Ruf als Regenfahrer gerecht. Der Suzuki-Fahrer belegte Rang zwei. Dahinter folgten Alex de Angelis, Rossi, Ben Spies als bester Amerikaner und Andrea Dovizioso. Jorge Lorenzo büßte im Vergleich zum ersten Training Zeit ein, er konnte nur Siebter werden. Hinter ihm reihten sich Stoner, Dani Pedrosa und Marco Melandri ein. Besonders die beiden Letztgenannten Fahrer konnten am Nachmittag etwas zulegen.

Die Lokalmatadore hatten, abgesehen von Spies, keinen Heimvorteil. John Hopkins wurde Elfter, Nicky Hayden und Colin Edwards folgten auf den Plätzen 14 und 15. Allerdings setzte in den letzten 6 Minuten des Trainings so starker Regen ein, dass niemand mehr seine Zeiten verbessern konnte.