Casey Stoner hat sich auch im Warm-Up der MotoGP auf Phillip Island keine Blöße gegeben und in 1:29.888 Minuten die Bestzeit gefahren. Damit lag er im Vergleich zu den Sessions davor nur relativ knapp vor seinen Verfolgern. So hatte Jorge Lorenzo diesmal lediglich 0,447 Sekunden Rückstand auf den Lokalmatador, der zur Halbzeit der Session einen vermeintlich wilden Highsider abfangen konnte. Lorenzo konnte seinerseits mit Freude darauf blicken, dass er rund drei Zehntelsekunden vor Dani Pedrosa lag und sollte es im Rennen die gleiche Reihenfolge geben, wäre der Yamaha-Pilot Weltmeister.

Hinter Pedrosa klaffte eine kleine Lücke, so fehlten Cal Crutchlow 1,307 Sekunden auf Stoner und 0,566 Sekunden auf den Spanier auf Platz drei. Andrea Dovizioso, Stefan Bradl, Alvaro Bautista und der gestürzte Karel Abraham folgten in den Top-8, hinter Nicky Hayden war Randy de Puniet als Zehnter wieder bester CRT-Pilot. Ihm dicht auf den Fersen war allerdings Aspar-Teamkollege Aleix Espargaro, der sich ebenfalls vor Valentino Rossi behauptet hatte.

Rossi war allerdings kurz nach Beginn der Session zu Sturz gekommen und war den Rest des Warm-Ups mit dem Ersatzmotorrad gefahren, auf dem er sich nicht so wohl fühlte. Hector Barbera landete auf Platz 13, Michele Pirro und James Ellison waren noch unter den besten 15 zu finden. Danilo Petrucci, Ivan Silva, Roberto Rolfo, Colin Edwards und Kris McLaren platzierten sich auf den letzten Positionen. McLaren war im Laufe des Warm-Ups ebenfalls gestürzt und erneut an der 107-Prozent-Hürde gescheitert, dürfte für das Rennen also keine Starterlaubnis erhalten, da er im Laufe des Wochenendes in keiner Session nahe genug an der Bestzeit dran war.