Für die MotoGP war das zweite Training in Malaysia am Freitagnachmittag relativ unbrauchbar. Die Session begann bei regnerischen Bedingungen, wobei es bald aufhörte und wieder jene Mischbedingungen zwischen nass und trocken vorhanden waren, die jeden Erkenntnisgewinn unmöglich machen. Das führte unter anderem dazu, dass lediglich 13 Fahrer eine Rundenzeit markierten und Ivan Silvas Bestzeit in 2:10.602 Minuten ein Muster ohne Wert war. Der Spanier war einer der Wenigen gewesen, die sich auf Slicks um den Kurs getraut hatten, als es gegen Ende der Session einigermaßen verantwortlich war, das zu tun.

Dahinter folgten weitere CRT-Piloten, die ebenfalls am Ende die Slick-Variante gewählt hatten, so waren Michele Pirro, Randy de Puniet und Roberto Rolfo auf den Rängen zwei bis vier zu finden. Karel Abraham, Alvaro Bautista, Valentino Rossi, Aleix Espargaro, Nicky Hayden und James Ellison füllten die Top-10, Stefan Bradl, Hector Barbera und Colin Edwards waren noch Zeiten gefahren.

Die einzige Referenz des Freitags war damit das erste Training, das bei guten Bedingungen über die Bühne ging. Am Vormittag war Dani Pedrosa vor Casey Stoner und Jorge Lorenzo an der Spitze gelegen. Diese Top-3 waren ein kleines Stück vor dem Rest des Feldes. Es folgten Andrea Dovizioso, Cal Crutchlow, Ben Spies, Stefan Bradl und Nicky Hayden in den Top-8.