Das erste Training der MotoGP in Malaysia endete mit einer für die Weltmeisterschaft interessanten Konstellation. So lag Dani Pedrosa mit einer Bestzeit von 2:01.621 Minuten an der Spitze, auf Platz zwei war aber nicht Jorge Lorenzo sondern Casey Stoner zu finden. 0,152 Sekunden war der Australier langsamer als sein Teamkollege gewesen, der WM-Führende war 0,313 Sekunden hinter Pedrosa Dritter.

Zwar würde es Lorenzo genügen, in Malaysia, auf Phillip Island und in Valencia Dritter zu werden, sollte Pedrosa immer gewinnen, dennoch würde es spannend, immerhin hätte er dann am Saisonende nur noch einen Punkt Vorsprung. Hinter den klar in Führung liegenden Top-3 war Andrea Dovizioso mit über sechs Zehntelsekunden Rückstand auf Pedrosa Vierter. Der Italiener hatte sich um drei Hundertstelsekunden vor seinem Teamkollegen Cal Crutchlow behauptet.

Ben Spies erreichte den sechsten Rang, Stefan Bradl war Siebter und Nicky Hayden, Alvaro Bautista sowie Hector Barbera rundeten die Top-10 ab. Lediglich zu Platz elf reichte es für Valentino Rossi, der 1,653 Sekunden auf die Bestzeit eingebüßt hatte und zwischendurch auch einmal durch den Kies musste. Langsamster Prototypen-Pilot war Karel Abraham auf Platz zwölf. Der Tscheche war nur knapp vor CRT-Spitzenreiter Randy de Puniet geblieben, der seinerseits aber auch nur rund fünf Hundertstelsekunden Vorsprung auf seinen Teamkollegen Aleix Espargaro hatte.

Colin Edwards sicherte sich den letzten Platz in den Top-15, die restlichen Positionen zeigten die folgende Reihenfolge: Michele Pirro, James Ellsion, Roberto Rolfo, Yonny Hernandez, Ivan Silva und Danilo Petrucci.