Am Freitag konnte sich in Estoril lange niemand vorstellen, dass es irgendwo eine Sonne gibt, doch im Laufe des zweiten MotoGP-Trainings am Nachmittag machte der Himmelskörper plötzlich seine Aufwartung. Der Regen war mit einem Mal vorbei und die Temperaturen stiegen. Das brachte die Strecke langsam aber sicher zum trocknen. Zwar wurde sie während der 45 Minuten nicht ganz trocken, aber mit jeder Minute besser, womit die Zeiten sich gegen Ende des Trainings immer weiter verbesserten. Das hieß, die Bestzeit ging an denjenigen, der nicht nur die schnellste Linie fand, sondern auch an denjenigen, der das beste Timing hatte.

Letztendlich war es Jorge Lorenzo, der sich über die schnellste Zeit freuen durfte. Der Spanier war in 1:48.522 Minuten um die Runde gekommen, womit ihm nach wie vor rund 12 Sekunden auf den Streckenrekord fehlten. Platz zwei eroberte Nicky Hayden, der rund eine Zehntelsekunde langsamer gewesen war als der Weltmeister. Valentino Rossi schnappte sich 0,361 Sekunden hinter seinem Noch-Teamkollegen die dritte Position und Casey Stoner kam mit einer halben Sekunde Rückstand auf Platz vier.

Einen guten Einstand in Estoril feierte Ben Spies, der wieder einmal Streckenlernen mit schnellem Fahren kombinierte und sich den fünften Rang sicherte. Rund 1,2 Sekunden Rückstand hatte er dort. Einen guten sechsten Platz erreichte Marco Melandri, dem die abtrocknenden Bedingungen anscheinend das Wunder bereiteten, das er sich vor dem Wochenende gewünscht hatte. Den Rest der Top Ten füllten Randy de Puniet, Marco Simoncelli, Andrea Dovizioso und Loris Capirossi. Simoncelli hatte zu Beginn der Session noch langsam gemacht und an der Box wieder Poker gespielt, bevor er später Gas gab. Dovizioso gab zu viel Gas, kam 20 Minuten vor Session-Ende auf eine weiße Linie und stürzte. Dabei blieb er aber unverletzt.

Ebenfalls gestürzt waren Hector Barbera und Colin Edwards, die auf die Ränge elf und zwölf fuhren. Dani Pedrosa war bei den Bedingungen vorsichtig und wollte seine verletzte linke Schulter schonen, was ihn auf Platz 13 brachte. Dahinter schlossen, Aleix Espargaro, Hiroshi Aoyama, der ebenfalls gestürzte Alvaro Bautista und Mika-Kallio-Ersatz Carlos Checa die Wertung ab.