Die Fiat Yamaha-Teamkollegen Jorge Lorenzo und Valentino Rossi haben am Samstagvormittag in Motegi die Plätze getauscht. Ging die Bestzeit am Freitag noch an den Italiener Rossi, behielt heute der Spanier die Oberhand. Im Sandwich hatten sie einmal mehr Repsol Honda-Werksfahrer Andrea Dovizioso.

Hinter dem Führungstrio klassierte sich Casey Stoner. Er verlor auf die Spitze bereits sechseinhalb Zehntel, doch fehlten ihm auf Rossi und Dovizioso nur deren zwei. Lorenzo war 0,423 Sekunden schneller als Dovizioso um den Twin Ring Motegi gedonnert.

Rang fünf ging an Suzuki-Ass Loris Capirossi, der, genauso wie Tech 3 Yamaha-Pilot Colin Edwards, noch unter einer Sekunde Rückstand auf die Spitze bleiben konnte. Alvaro Bautista, seines Zeichens Teamkollege von Capirossi, verlor als Siebenter 1,095 Sekunden auf die Spitze.

Bautista war auch etwas übermotiviert in den Samstag gestartet und nach nur fünf Minuten Trainingszeit musste er an Turn 11 den Notausgang nehmen und durch das Kiesbett räubern. Ähnlich erging es Randy de Puniet nach 20 Minuten in Turn 10, doch beide konnten ihre Bikes abfangen und sitzen bleiben.

Marco Simoncelli, Ben Spies und Nicky Hayden rundeten die Top Ten ab. Aleix Espargaro kam auf Rang elf, Lokalmatador Hiroshi Aoyama fuhr die 13. Trainingszeit. Marco Melandri, Hector Barbera und Mika Kallio rundeten das Feld ab, der verletzte Dani Pedrosa befand sich bereits zur Operation in Spanien.