Der verregnete Samstag hatte in Motegi auch am Sonntag seine Spuren hinterlassen. Das Warm-up der 125cc-Klasse war mit 30 Minuten länger als sonst und die Strecke war am Morgen nach wie vor in miserablem Zustand, weswegen die Rundenzeiten der Piloten der kleinsten Klasse am Ende rund zehn Sekunden langsamer waren als noch am Freitag. Da sich die Bedingungen während der Session mit jeder Runde besserten, war es aber recht spannend, das ständige Gehüpfe der Positionen auf dem Zeitenmonitor zu verfolgen.

Als zu Ende gehüpft war, hatte sich Danny Webb mit einer Zeit von 2:10.595 Minuten recht deutlich durchgesetzt. Rund neun Zehntelsekunden lag er vor Nico Terol, knapp eine Sekunde betrug sein Vorsprung auf Sandro Cortese auf Rang drei. Simone Corsi war als Vierter bereits 1,1 Sekunden zurück und Julian Simons Rückstand von 1,2 Sekunden zeigte endgültig, dass es letztendlich nur eine Sache des guten Timings war, die im Warm-up für große Unterschiede sorgte. Die Top Ten wurden von Polesetter Andrea Iannone, KTM-Pilot Marc Marquez, Sergio Gadea, Joan Olive und Bradley Smith aufgefüllt.

Stefan Bradl und Jonas Folger waren knapp außerhalb der besten Zehn zu finden. Mit 2,1 beziehungsweise 2,3 Sekunden Rückstand belegten sie die Plätze elf und zwölf. Dominiqiue Aegerter war als 14. auch nicht weit dahinter. Randy Krummenacher hatte eine etwas schwerere Session. Mit 7,4 Sekunden Rückstand wurde er 29.