Auch wenn der Regen während des zweiten Qualifyings der 125er-Klasse in Sepang wieder aufhörte, an eine Verbesserung der Zeiten vom Freitag war nicht zu denken, da der Asphalt bis zum Ende der Session äußerst nass blieb. Damit konnte Andrea Iannone trotz eines Abfluges im zweiten Zeittraining die Pole Position vom Freitag behalten. Auch sein Vorsprung von rund einer halben Sekunde ist in der Endabrechnung gleich geblieben.

Neben dem Italiener wird Gabor Talmacsi Aufstellung nehmen und Danny Webb sowie Pol Espargaro dürfen sich über die letzten beiden Plätze in Reihe eins freuen. Aus deutschsprachiger Sicht war der unveränderte Samstag nicht unbedingt eine Offenbarung. So blieb auch die zweite Reihe frei von Piloten aus deutschsprachigen Ländern. Stattdessen stehen dort Sergio Gadea, Joan Olive, Tomoyoshi Koyama und Simone Corsi. Koyama war im Qualifying auch Opfer eines kleinen Sturzes, kam aber glimpflich davon.

Schnellster Fahrer mit Deutsch als Muttersprache war Stefan Bradl. Er wird das Rennen aus der zehnten Position angehen, nachdem er am Freitag über Probleme mit dem Fahrwerk klagte und deswegen nicht weiter vorne landete. In Reihe drei steht er gemeinsam mit Weltmeister Mike di Meglio, Scott Redding und Nico Terol. Sandro Cortese startet von der 18. Position, Dominique Aegerter wird von Platz 22 ins Rennen gehen. Bradl, Cortese und Aegerter waren am Samstagmorgen im trockenen dritten Training noch in die Top Ten gefahren. Robin Lässer und Jonas Folger besetzen die Startplätze 28 und 29 und Randy Krummenacher wird von Position 32 starten.