Es schien zwar endlich die Sonne, doch die Strecke war dank Regenfällen in der Nacht immer noch nass, als die Moto3 am Samstagmorgen ihr drittes Training in Valencia bestritt. Aus diesem Grund waren die Zeiten noch immer weit von konkurrenzfähigen Werten entfernt, aber die Piloten drehten dennoch eifrig ihre Runden. Am schnellsten unterwegs war Hector Faubel, der im letzten Moment in 1:51.521 Minuten die Bestzeit aufstellte und sich damit um gerade einmal 0,022 Sekunden vor Maverick Vinales behauptete.

Jack Miller konnte nach einer guten Nass-Vorstellung am Freitag auch am Samstagmorgen glänzen und sich mit rund zwei Zehntelsekunden Rückstand den dritten Rang sichern. Luis Salom, Danny Kent und Alex Marquez folgten auf den restlichen drei Positionen in den Top-6. Kents Position war insofern bemerkenswert, weil er zwischendurch zu Sturz gekommen war - allerdings konnte er seine Maschine retten und weiterfahren.

Ein deutscher Fahrer hatte es in die Top-10 geschafft, Jonas Folger wurde hinter Brad Binder und Adrian Martin Neunter, Efren Vazquez schaffte es auf den zehnten Rang. Weltmeister Sandro Cortese riskierte derweil wieder nichts und gab sich mit Platz 20 zufrieden, damit lag er recht klar hinter Giulian Pedone, der mit lediglich 0,928 Sekunden Rückstand auf die Spitze 14. war. Wildcard Philipp Öttl reihte sich auf Position 23 ein, Luca Amato war auf dem 27. Rang und Toni Finsterbusch 34. Finsterbusch war allerdings auch gestürzt, er hatte sich beinahe im Paarflug mit Miguel Oliveira verabschiedet, als noch viel Zeit in der Session übrig war. Louis Rossi und Juan Francisco Guevara waren ebenfalls auf dem Hosenboden gelandet.