Das Warm-Up der Moto3 in Motegi endete am Sonntagmorgen mit einer Bestzeit von Danny Kent. Der britische Polesetter benötigte 1:59.060 Minuten für seine schnellste Runde und setzte sich damit 0,094 Sekunden vor Jonas Folger durch. Auf Platz drei folgte WM-Spitzenreiter Sandro Cortese, Maverick Vinales, Luis Salom und der während der Session gestürzte Zulfahmi Khairuddin fuhren noch in die Top-6.

Die restlichen Positionen in den Top-10 besetzten Romano Fenati, Alex Rins, Efren Vazquez und Arthur Sissis. Toni Finsterbusch konnte sich auf den 19. Rang fahren, Luca Amato belegte Platz 28 und Giulian Pedone wurde als 31. gewertet. Pedone hatte während der Session allerdings einen Sturz erlitten, der wie bei Khairuddin aber relativ harmlos endete. Für Alberto Moncayo endete das Warm-Up mit einem technischen Defekt.