Bei nur 17 Grad Außentemperatur, starkem Wind und leichtem Regen auf dem Misano World Circuit Marco Simoncelli starteten die Moto3-Piloten ins Wochenende zum San Marino Grand Prix. Zulfahmi Khairuddin setzte sich dabei auf seiner letzten Runde an die Spitze. Mit einer Bestzeit von 1:56.659 Minuten ließ er Miguel Oliveira nur um 0.052 Sekunden hinter sich. Luis Salom sicherte sich Platz drei.

Sandro Cortese konnte sich zum Ende der Trainingssession noch einmal steigern und landete mit vier Zehntelsekunden Rückstand auf Markenkollegen Khairuddin auf Position vier, knapp vor Jonas Folger, der die Spitze im ersten Training lange behaupten konnte und damit nach seinem Sieg in Brünn zeigte, dass er sich im Aspar Team auch weiterhin sehr gut fühlt. "Wir haben ein konkurrenzfähiges Motorrad; es liegt einzig an uns selbst, dass wir uns weiter vorne qualifizieren. Meiner Meinung nach ist Misano eine technisch anspruchsvolle Rennstrecke mit sehr langsamen Kurven und schnellen Richtungswechseln. In manchen Kurven liegt der Schlüssel für eine top Rundenzeit", verriet er.

Maverick Vinales belegte Platz sechs vor Alex Rins, Alessandro Tonucci, Arthur Sissis und Efren Vazquez. Der Schweizer Giulian Pedone kam nur auf Platz 26, Toni Finsterbusch rutschte schon am Anfang mit der Honda des Racing Team Germany weg und kam über Rang 34 nicht hinaus. Sein Teamkollege an diesem Wochenende, Louis Rossi, kam gleich zu Beginn von der Strecke ab. Adrian Martin musste auf dem nassen Asphalt einen kleineren Highsider wegstecken.

Jack Miller konnte einen Highsider gerade so noch abfangen und musste nur kurz neben die Strecke. Wenige Minuten später konnte der Australier einen Sturz allerdings nicht mehr verhindern und musste das erste Training frühzeitig beenden. Beide Wildcard-Piloten Kevin Calia und Stefano Valtulini rutschten auf dem nassen Untergrund aus. Danny Kent landete mit seiner KTM im Kies. Jasper Iwema stürzte, während Niccolo Antonelli seine Rundenzeit aufgrund einer Abkürzung gestrichen bekam.