Hatte KTM-Pilot Sandro Cortese am Freitagmorgen im ersten Moto3-Training in Brünn als Zweiter noch vor seinem WM-Herausforderer Maverick Vinales gelegen, so lag er im heißeren zweiten Training am Nachmittag relativ deutlich zurück. Denn Vinales fuhr in 2:09.480 Minuten die Bestzeit und Cortese erreichte mit 0,990 Sekunden Rückstand lediglich den neunten Rang. Beim Red Bull KTM Ajo Team wird es also wohl noch ein wenig Arbeit für den Samstag geben.

An der Spitze hatte Vinales Lokalmatador Jakub Kornfeil um 0,272 Sekunden auf Platz zwei verwiesen. Bester KTM-Pilot war Danny Kent auf Rang drei. Hinter ihm folgten Zulfahmi Khairuddin, Niccolo Antonelli, Luis Salom und Louis Rossi in den Top-7. Nach seiner Bestzeit am Morgen landete Jonas Folger im zweiten Training auf dem achten Rang - der Deutsche hatte es nicht geschafft, seine Zeit zu verbessern. Miguel Oliveira schloss die Top-10 ab.

Giulian Pedone und Wildcard-Fahrer Luca Grünwald erreichten die Positionen 26 und 28. Keine Zeit anschreiben konnte Toni Finsterbusch, da er kurz nach Beginn der Session zu Sturz kam und dabei seine Maschine beschädigte. Auch Alex Rins war gefallen, er schaffte es aber auf Platz 23, da er davor bereits ein paar Zeiten anschreiben konnte. Nicht in der Session dabei waren Riccardo Moretti und Alan Techer, die sich bei Stürzen am Morgen verletzt hatten.