Das zweite freie Training in Brünn konnte Sandro Cortese für sich entscheiden. Mit einer Zeit von 2:08.762 Minuten setzte er sich gegen seine Gegner durch. Johann Zarco erreichte mit 2:08.905 Minuten fast die Zeit des Deutschen, dennoch fehlten ihm 0,143 Sekunden auf den Spitzenplatz. Miguel Oliveira machten die Regentropfen auf seinem Visir nichts aus und so schob sich der Portugiesen auf den kurz vor Schluss auf den dritten Platz und verdrängte Sergio Gadea auf den vierten Platz.

Danny Kent, der Teamkollege von Jonas Folger, wurde Fünfter. Folger selbst wird an diesem Wochenende nicht in die Action eingreifen, da er keinen messbaren Blutdruck hat und seine Körpertemperatur nicht über 35 Grad Celsius kletterte. Alberto Moncayo machte sich auf dem sechsten Platz breit und konnte so Nico Terol, der noch das erste Training für sich entscheiden konnte, noch hinter sich halten.

Direkt hinter dem WM-Spitzenreiter kam sein Teamkollege Hector Faubel. Im zweiten Training ging es um einiges enger zu, denn Faubel hatte lediglich einen Rückstand von 0,776 Sekunden auf Cortese. Efren Vasquez wurde Neunter vor Maverick Vinales und Marcel Schrötter, der sich in der zweiten Session stark verbessern konnte.

Der Wildcard-Pilot Luca Grünwald kam mit seiner KTM vom Freudenberg Racing Team auf den 17. Platz. Der amtierende Meister der IDM 125 verpasste die Bestzeit seines Landsmannes um lediglich 2,278 Sekunden.