Zwar lachte die Sonne auch im Warm-up der 125cc-Klasse über Estoril, doch die Bedingungen blieben dank nasser Stellen auf der Strecke und starkem Wind schwierig. Für die WM-Kandidaten war anscheinend dennoch die Zeit gekommen, um anzugreifen. So fuhr Nico Terol in 1:56.225 Minuten die klare Bestzeit der Session und hatte sich damit um rund acht Zehntelsekunden von seinem Teamkollegen Bradley Smith abgesetzt, der das Rennen am Nachmittag von der Pole Position starten wird. Rang drei ging an WM-Spitzenreiter Marc Marquez, der lange die Führung innehatte, sich am Ende aber um neun Zehntel geschlagen geben musste.

Der dritte noch verbliebene WM-Anwärter, Pol Espargaro, belegte derweil Position vier und hatte bereits 1,489 Sekunden auf Terol verloren. Sandro Cortese konnte bei den schwierigen Bedingungen den fünften Platz einfahren, wobei der Deutsche bereits rund zwei Sekunden Rückstand ausgefasst hatte. Wieder einmal weiter vorne als üblich zeigte sich bei den Mischverhältnissen Alberto Moncayo. Der Spanier konnte sich Rang sechs sichern, musste allerdings auch zwei Mal zu Boden. Immerhin war er nicht der Einzige, der gestürzt war: Danny Webb, Lorenzo Savadori, Louis Rossi und Esteve Rabat taten es ihm gleich, wobei Rabat sich am Arm oder der Schulter verletzt zu haben schien.

Jonas Folger blieb von einem Sturz verschont und konnte sich Platz sieben sichern. Hinter dem Deutschen waren noch Johan Zarco, Luis Salom und Adrian Martin in die Top Ten gefahren. Marcel Schrötter beendete das Warm-up auf dem zwölften Rang und Randy Krummenacher erreichte die 14. Position. Nicht an der Session teilgenommen hatten Tommaso Gabrielli und Maurizio Ravaioli, die beide in den Trainings die 107-Prozent-Hürde verpasst hatten.