Wie schon am Freitagnachmittag konnte Thomas Lüthi auch im dritten Training der Moto2 in Motegi wieder die Bestzeit fahren. Mit einer Runde in 1:52.670 Minuten steigerte der Schweizer sich noch einmal und blieb damit noch deutlicher unter dem Streckenrekord. Im Vergleich zu Freitag ordentlich aufgedreht hatte Marc Marquez. Der Spanier stieß bis auf Rang zwei vor und hatte auf die Bestzeit lediglich 28 Tausendstelsekunden Rückstand.

Damit hatte sich aus WM-Sicht das Blatt ein wenig gewendet, denn diesmal konnte Stefan Bradl nicht ganz vorne mitmischen, sondern musste sich mit 0,366 Sekunden Rückstand mit Rang acht begnügen. Allerdings war der Deutsche in den letzten Trainingsminuten nicht auf der Strecke, als viele Fahrer ihre Zeiten noch verbesserten. Vor Bradl hatte sich Yuki Takahashi zur Freude der japanischen Fans Platz drei gesichert, Bradley Smith war auf Platz vier gefahren und Dominique Aegerter hatte sich den fünften Rang geholt.

Andrea Iannone und Esteve Rabat hatten sich auf den Positionen sechs und sieben auch noch vor Bradl geschoben. Die letzten beiden Plätze in den Top-10 gingen an Scott Redding und Simone Corsi. Abermals ihre Probleme hatten Randy Krummenacher und Max Neukirchner. Krummenacher landete lediglich auf dem 25. Platz und Neukirchner musste sich gar mit dem 31. Rang begnügen. Zwischen den Beiden lag der Italiener Raffaele de Rosa, der den einzig nennenswerten Sturz während der Session verzeichnete, dabei aber anscheinend unverletzt blieb.