Es hieß nicht Marc Marquez vs. Stefan Bradl im zweiten Moto2-Training in Motegi, sondern Schweiz vs. Schweiz. Denn Thomas Lüthi und Dominique Aegerter stritten sich lange um die Bestzeit, wobei Lüthi am Ende mit einer Runde in 1:53.002 Minuten die Nase vorne hatte. Damit verdarb er Aegerters Geburtstagsfeier ein wenig, schließlich feiert der Schweizer am Freitag seinen 21. Jubeltag. Am Ende wurde er sogar noch auf Rang vier verdrängt, weil Bradl sich 0,180 Sekunden hinter Lüthi auf Platz zwei schob und Yuki Takahasi auf einem neuen Moriwaki-Chassis weitere zwei Zehntelsekunden dahinter Dritter wurde.

Bradl hatte sich mit seiner Schlussrunde recht deutlich vor Marquez gesetzt, denn der Spanier kam über Rang acht nicht hinaus. Dort war er rund vier Zehntel langsamer gewesen als der WM-Spitzenreiter, was Bradl ein wenig Hoffnung gegeben haben dürfte. Zwischen Marquez und Aegerter hatten sich noch Pol Espargaro, Bradley Smith und Esteve Rabat gesetzt. Die letzten beiden Plätze in den Top-10 sicherten sich Mika Kallio und Aleix Espargaro.

Für den immer gefährlichen Andrea Iannone genügte es im zweiten Training lediglich zu Platz elf, den übrigen deutschsprachigen Fahrern ging es aber noch schlechter. Max Neukirchner kam lediglich auf den 29. Platz, der Schweizer Randy Krummenacher musste sich mit der 30. Position begnügen. Typisch für die Moto2 waren wieder die geringen Abstände. Obwohl die Runde in Motegi recht lang ist, lagen die ersten 14 Fahrer innerhalb einer Sekunde, bis Platz 23 trennten die Piloten weniger als 1,5 Sekunden.